Uklar melding skapte rykteflom
Bolsjevikenes innledende tvetydighet i forsøket på å legge lokk på saken førte ironisk nok til stadig mer hardnakkede rykter om at et eller flere av tsarens barn var blitt gjenkjent forskjellige steder. Det dukket hele tiden opp nye som utga seg for å være enten det ene eller det andre av barna. I alt kjenner man til navnene på over 200 bedragere. Den overveiende delen av dem utga seg for å være enten kronprinsen eller den yngste søsteren, Anastasia.
Undersøkelse straks igangsatt
Det skortet heller ikke på folk som forsøkte å komme til bunns i saken. Allerede en uke etter drapene, 25. juli 1918, ble Jekaterinburg inntatt av den hvite armé. Øverstkommanderende ga straks ordre til en undersøkelse av tsarfamiliens forsvinning. En av undersøkelsesdommerne, Nikolaj Sokolov, snakket med flere som hadde deltatt i massakren og begravelsen. Han besøkte kjelleren og gruvesjakten der likene var blitt kastet til å begynne med. Da han i 1924 skrev ned sine konklusjoner, var han derfor ikke et øyeblikk i tvil om at hele familien var blitt henrettet i kjellerrommet.
Til tross for de utallige ryktene og undersøkelsene lyktes det kommuniststyret i Sovjetunionen å dysse ned saken så ettertrykkelig at det i det påfølgende halve århundret ikke ble boret mer i den. Det var først under dekke av en geologisk undersøkelse at en gruppe amatørarkeologer fant frem til graven i 1979. Forfatteren Geli Ryabov hadde kontaktet Jurovskijs sønn og fått utlevert en kopi av farens beskrivelse av drapene, noe som ellers lå godt bortgjemt i statens arkiver. Da han sammenlignet dem med konklusjonene til Sokolov, kunne han se at dommeren hadde funnet frem til stedet der lastebilen hadde kjørt seg fast. Sokolov hadde imidlertid ikke gjettet at likene også måtte befinne seg der.
Syrerester ledet frem til likene
Teamet fant frem til stedet, og et svært høyt syreinnhold i jordsmonnet – restene av syren bolsjevikene hadde helt over likene – overbeviste dem om at de var på rett vei. Da de begynte å grave, fant de raskt rester etter tresvillene og litt lenger nede de ettertraktede benrestene. I stedet for å grave opp alt sammen tok de bare tre kranier med, slik at de kunne få dem undersøkt på et laboratorium.
Det var imidlertid vanskeligere enn de hadde regnet med, for ingen våget å se på kraniene. Etter som tiden gikk ble de mer og mer engstelige for å bli avslørt av det hemmelige politi, KGB, og besluttet å legge kraniene tilbake i graven.
Først i 1989 lekket Ryabov historien om funnet til pressen, og etter Sovjetunionens fall i 1991 ga den russiske presidenten, Boris Jeltsin, tillatelse til å åpne graven. Det ble funnet skjeletter av i alt ni personer, og DNA-undersøkelser viste at fem av dem var i familie. I januar 1998 ble de identifisert som tsaren, tsarinaen og tre av deres døtre etter sammenligninger med DNA fra etterkommere av tsaren og tsarinaens søsken.
Det manglet imidlertid fortsatt to lik, og en debatt mellom de amerikanske og russiske forskerne om hvilken søster det var som manglet i graven, Anastasia eller Maria, åpnet enda en gang døren på klem for tvilerne.
Aleksej og en søster funnet i 2007
Det endret seg imidlertid på ny i 2007, da den russiske amatørarkeologen Sergej Pogorelov oppdaget et område dekket av aske bare 70 meter fra den opprinnelige graven. Der fant han de forkullede benrestene etter ytterligere to lik. Det ene viste seg å være en gutt på 12–15 år, noe som passet med 13 år gamle Aleksej. Det andre var en jente på mellom 15 og 19 – det kunne være både 17 år gamle Anastasia og 19 år gamle Maria.
Igjen ble det foretatt to uavhengige undersøkelser av DNA-materialet fra den nye graven, som ble sammenlignet med nye analyser av materialet fra den opprinnelige graven. I tillegg kom analyser av genmaterialet fra nålevende slektninger av tsarfamilien og av blodrester fra tsaren på en jakke.
Resultatene av undersøkelsene ble offentliggjort i 2009. Både det russiske forskerteamet ledet av geneksperten Evgeny Rogaev og en internasjonal gruppe av eksperter fra blant annet Norge, USA og Østerrike identifiserte benrestene som henholdsvis sønnen Aleksej og en av søstrene hans.
Mens det ikke finnes tvil om identifikasjonen av Aleksej, er ikke forskerne nærmere en løsning på hvem av søstrene det er snakk om – bare at det ut fra alder må være enten Anastasia eller Maria. Dermed er det hevet over enhver tvil at ingen medlemmer av tsarfamilien overlevde massakren i Ipatjev-huset i 1918.