El Niño, som betyr guttebarnet, henger sammen med et annet værfenomen som kalles pikebarnet, La Niña. De er to ekstremer av en naturlig værsyklus i det tropiske Stillehavet. I et El Niño-år blir havet om lag to til tre grader varmere enn normalt utenfor vestkysten av Sør-Amerika, mens det i et La Niña-år er kjøligere.
Normalt blåser et vindsystem, passatvindene, det varme overflatevannet fra øst mot vest langs ekvator. Navnet på passatvindene stammer sannsynligvis fra den nederlandske «pasaat», som betyr gjennomgang. Skip nyter godt av vindsystemet, som forkorter reisetiden øst mot vest.
Passatvindene får kaldt bunnvann til å stige opp ved vestkysten av Sør-Amerika, mens det varme overflatevannet gir regn i Indonesia. Regnet får luftmasser til å stige opp i atmosfæren, noe som holder i gang passatvindene. Men om lag hvert fjerde år avtar passatvindene, og da strømmer det varme overflatevannet tilbake til Sør-Amerika, noe som fører til et såkalt El Niño-år.