El Niño, som betyr guttebarnet, henger sammen med et annet værfenomen kalt jentebarnet, La Niña. De er to ekstremer av en naturlig værsyklus i det tropiske Stillehavet. I et El Niño-år blir havet cirka to til tre grader varmere enn normalt utenfor vestkysten av Sør-Amerika, mens det i et La Niña-år er kjøligere. Normalt blåser passat-vindene konstant det varme overflatevannet fra øst mot vest langs ekvator.
Det får kaldt bunnvann til å stige opp ved Sør-Amerikas vestkyst, mens det varme overflatevannet gir regn i Indonesia. Regnet får luftmasser til å stige opp i atmosfæren, og det holder passatvindene i gang. Men gjennomsnittlig hvert fjerde år avtar passatvindene, og uten press fra vindene siver det varme overflatevannet stille og rolig tilbake til Sør-Amerika, og det fører til et El Niño-år.
El Niño har store konsekvenser i et belte fra Australia til Sør- og Nord-Amerika, der det fører til markante endringer i værforholdene: Det blir tørke i Australia og oversvømmelser i Sør- og Nord-Amerika. La Niña oppstår noen ganger som følge av El Niño, men ikke nødvendigvis.
La Niña har også betydning for været i det store området, men her er det snakk om at de eksisterende værforholdene forsterkes: tørre områder får enda mindre regn, mens det regner mer enn vanlig i områder som normalt får mye nedbør. Vha. elektroniske bøyer følger forskerne nøye vanntemperaturene i Stillehavet, og de kan måle når det varme overflatevannet siver fra Indonesia mot Sør-Amerika. Varslingene er ennå ikke helt sikre, men på lengre sikt vil de få stor betydning for for eksempel bønder.
