Landsbyen huset mellom 200 og 500 mennesker, og karbon-14-analyser viser at den ble bygget mellom 6000 f.Kr. og 5800 f.Kr.
"Den er flere hundre år eldre enn tidligere kjente bosetninger ved innsjøer i Middelhavsområdet og Alpene", sier Albert Hafner, professor i arkeologi ved universitetet i Bern.
"Så vidt vi vet, er det den eldste i Europa."
Festningsverk forundrer forskerne
Funn av frø, planter og knokler fra både ville og tamme dyr tyder på at landsbyboerne levde av jordbruk og husdyrhold.
Men utover det er beboernes liv og vilkår [et mysterium for arkeologene] (https://historienet.no/kultur/arkeologi/arkeologiens-13-storste-mysterier). De vet for eksempel ikke hvorfor landsbyboerne valgte å bygge husene sine på stylter.
Dykkere har også funnet en rekke tilspissede planker som omgir landsbyen som en barrikade.
"For å beskytte seg på denne måten må de ha hogd ned en hel skog", sier Hafner til nyhetsbyrået AFP.
Professoren anslår at festningen må ha bestått av rundt 100 000 tilspissede planker som er slått ned i innsjøbunnen.
Men hvorfor landsbyboerne beskyttet seg - og mot hvem - er ukjent.
Mysteriet med stolpene og forsvarsverkene er noe arkeologene håper å løse ved fremtidige undersøkelser, og de håper også at flere funn vil fortelle dem mer om landsbyboerne og deres levesett.
Tett vegetasjon i innsjøen og frykt for å skade de skjøre funnene gjør imidlertid at arkeologene må gå langsomt frem.
Hafner og teamet hans venter at det vil ta to tiår å avdekke hemmelighetene til den mystiske landsbyen.
Se arkeologene utforske landsbyen i Ohridsjøen: